Cultore di storia e raccoglitore di codici antichi, dedicò attenzione ai principali documenti riguardanti il Principato trentino ed arricchì la biblioteca vescovile con importanti acquisti, mantenendo inoltre continui rapporti con gli umanisti, sia nell’Italia settentrionale che in terra tedesca. La scelta di Hinderbach fatta dal Capitolo di Trento incontrò non poche difficoltà per la conferma da parte del Papa che, per evitare simili complicanze in avvenire, ritenne di poter concedere all’imperatore Federico III, del quale Hinderbach era stato segretario, la facoltà di nominare il vescovo di Trento.

In ambito politico Giovanni Hinderbach, insieme al duca Sigismondo d’Austria, rinnovò, nel 1468, le Compattate (accordi riguardanti i rapporti fra Principe Vescovo e conti del Tirolo) con l’aggiunta di alcune clausole in base alle quali si obbligava a tenere sempre aperto al duca il Castello del Buonconsiglio, riconoscendogli inoltre il diritto di nominare un capitano della città, stipendiato dal vescovo, come rappresentante del duca stesso nel principato. A lui erano affidate le chiavi del castello, nonché la custodia delle torri cittadine.

Durante il suo episcopato, nel 1475, avvenne la triste vicenda del piccolo Simone, per secoli venerato come San Simonino da Trento, ritrovato cadavere nella roggia cittadina. Della sua morte vennero accusati gli ebrei residenti a Trento, contro i quali si condusse un processo per infanticidio rituale, conclusosi con nove condanne a morte e con il bando dalla città. Solo in anni recenti (1965) il processo agli ebrei del 1475 venne ritenuto un terribile errore storico, basato sulla superstizione popolare e, di conseguenza, il piccolo Simone non fu più acclamato santo.